正常大腸內每克糞便中含107—1012個微生物，在大便正常菌譜中，常住菌占90%以上，其中普通大腸桿菌與腸球菌各占一半，過路菌(如類大腸桿菌、產氣桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、肺炎桿菌)不超過10%，芽胞菌與酵母菌雖也稱為常住菌，但數量不超過總菌數的10%。各菌群間按一定比例組合，互相制約，互相依存，在質和量上形成一定的生態平衡。若機體的內外環境發生某些變化，導致過剩菌(包括過路菌、芽腦菌、酵母菌)繁殖顯著超過正常值的40%以上，則引起腸道食物的分解紊亂，而出現腸道菌群失調癥狀，臨床上表現為急性或慢性腹瀉。
 
    對于腸道菌群失調癥，嬰幼兒發病為成人的3—10倍，全身衰竭、營養障礙和維生素缺乏、廣譜抗生素的長期應用、急性感染、激素治療、X線照射及大面積燒傷等為腸道菌群失調癥的發病誘因。
 
    菌群失調所致腹瀉有如下特點：
 
    1.如腸內有碳水化合物的異常分解，則表現為發酵性消化不良，大便呈水樣或糊樣，多泡沫，呈酸性反應，每日數次至十數次，伴有腸鳴、腹脹與排氣增多；如為成形便，則大便成堆，多泡沫，狀如發酵的面團。大便鏡檢可發現大量未消化的淀粉團，用盧戈氏液可染成深藍、藍色、棕紅等不同顏色；此外，盧戈氏液又可染出大量嗜碘性細菌(酪酸梭狀芽胞菌、鏈狀球菌)，對證明這些細菌的存在有重要診斷意義。
 
    2.某些小兒體內缺乏蔗糖酶、麥芽糖酶和轉化酶，以致不能將雙糖類食物分解、吸收。雙糖類食物在小腸內積聚過多，因細菌繁殖與酵解作用引起腹瀉，其大便中乳酸含量增高，可有輕度脂肪瀉，停給雙糖類食物后病情好轉。
 
    3.如腸內有蛋白質異常分解，則表現為腐敗性消化不良，大便稀溏，呈堿性反應，黃棕色，有特殊臭味(硫化氫)。
 
    在生活中，如有以上腹瀉特點，并有引起本病的誘因，大便涂片染色證實有過剩菌顯著繁殖，經消除過剩菌和修復正常菌群的治療后，腹瀉及其他消化不良癥狀隨之緩解，據此可確診為菌群失調性腹瀉。
 
    另外，菌群失調嚴重者可引起葡萄球菌性腸炎、腸白色念珠菌病，甚至真菌性敗血癥。
 
    預防菌群失調癥的關鍵在于合理使用抗生素，避免濫用或長期使用，可用可不用者不用，可用窄譜則不用廣譜。對年老體弱、患有慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素時，要嚴格掌握適應癥。最好能作藥物敏感試驗，選擇最敏感的抗生素。
 
    在用抗生素的同時，可口服乳酶生和維生素。老幼病后衰弱者，在用抗生素的同時，可口服乳酶生、B族維生素及維生素C等，以防腸道菌群失調。在大手術前，應注意配合全身支持療法，如給予高營養、服維生素類藥物及輸血等。
 
    關于正常腸道菌群的恢復，輕型病例停用抗生素后任其自行恢復即可。嚴重病例可口服乳酸桿菌制劑(如乳酶生、乳酸菌素片)、維生素C及乳糖、蜂蜜、麥芽糖等以扶植大腸桿菌；口服葉酸、復合維生素B、谷氨酸及維生素B12以扶植腸球菌；亦可用健康成人糞濾液保留灌腸，以引入正常菌群。