腎結石分以腎盂最為常見，腎盞次之，腎實質罕見。腎盞結石多位于下腎盞，雙側腎結石不到10%。結石可引起腎盂腎盞損傷、感染和阻塞。上述改變導致上皮脫落產生潰瘍，最終有瘢痕形成。結石引起的阻塞多為不完全性，尿液經結石周圍注入輸尿管，但可有腎盂擴大、腎盂壁肥厚和纖維化。若結石嵌頓于腎盂、輸尿管交界處或輸尿管，則產生腎盂積水，腎盂擴大、腎皮質萎縮及破壞，并可發生腎盂積膿。結石還可和腎盂鱗狀細胞癌同時存在。

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