如果一個人過于肥胖，那么，陰莖和睪丸短小可能與肥胖有關。肥胖癥本身不會直接導致這一問題的產生，但它會使性激素缺乏，而性激素缺乏可導致陰莖和睪丸短小及身體過度肥胖兩種情況發生。而這兩種情況可能是大腦中腦垂體產生的促性腺激素缺乏所致。一般來說，這些激素在青春期產生，并促使睪丸發育成熟，成熟的睪丸又產生另外一種激素睪酮，而睪酮則是直接促使陰莖生長的動力源，同時它還能引起其它男性性特征的發育如胡須等。但是，如果腦垂體沒有產生足夠的促性腺激素，那么，這些標志男性成熟的變化就不會發生，即使有些變化也不會很明顯。有這種缺陷的男子通常是身體過于肥胖，且伴有陰莖和睪丸短小、極少胡須及汗毛、音高而尖，甚至連皮膚都光滑如女子。一旦這種情況產生，就應該請內分泌專家或性學專家做檢查、治療。如果是輕度或中等度肥胖，一般不會導致陰莖短小。

肥胖者自視自己的陰莖，常感到比別人小，這是由于視角不同的緣故。因為從上往下看陰莖，要比從前面看要“感到”小一些，這也是人們多會感到自己的不如對人的大的緣故。另外，軀體肥大，也會使陰莖顯得小一些，但不必為慮。