一般急慢性尿道炎積極規范的治療都可完全治愈，但不規范、不合理的治療成為尿道炎反復發作、久治不愈的關鍵因素，也是傳統治療的難點：
1)致病菌耐藥。由于發病初期治療不規范，盲目用藥、破壞內環境，并造成細菌耐藥，療效不佳，時好時壞，導致持續的尿道炎發生。
2)潛伏隱匿感染。部分尿道炎可因藥效和療法的缺陷，使細菌進入潛伏感染狀態，在飲酒、勞累、精神緊張等因素可能誘使潛伏致病菌繁殖，從而出現癥狀，即尿道炎復發。
3)隱深部位的感染。由于致病菌隱藏于組織深層，以及潛藏于尿道隱窩，尿道旁腺等部位，使得藥物很難對其全面殺死，給康復留下了后患。
4)并發癥的影響。如若病情反復，長期炎性損害，造成尿路黏膜、腎盂腎盞受損、纖維化、變形，給尿道炎的治療帶來影響，使得傳統治療療效不佳，治療更加困難。
5)免疫力低下。部分尿道炎患者免疫力低下，如合并有糖尿病、腫瘤、肝病、營養不良或其他慢性疾病，對尿道炎的治療也造成很多困難。
