甲狀腺激素一方面促進肝臟膽固醇的合成，另一方面促進膽固醇及其代謝產物從膽汁中的排泄。因此，甲狀腺激素影響血清膽固醇的產生和降解。也就是說，甲狀腺激素不足時，雖膽固醇合成降低，但其排出的速度更低，放血中總膽固醇濃度增加。因此，甲狀腺功能減退患者脂質的合成、動用和降解均可降低，而以后者為主，總的結果是使血脂濃度增高，但甘油三酯顯著增高較少見。

　　脂蛋白增高主要是低密度脂蛋白（LDL）水平增高。有的研究者認為此病患者LDL受體環節缺陷，LDL與甲狀腺激素水平呈較明顯負相關，而與促甲狀腺激素水平呈正相關，故LDI可以作為甲狀腺功能的指標。繼發于垂體功能低下的甲狀腺功能減退，也可出現同樣的血脂改變。血脂增高常出現在粘液性水腫之前。本病患者動脈粥樣硬化的發病率增高可能與高脂血癥有關。