病原體進入體內，不一定引起發病，這是因為人體有一整套防御機制。呼吸道的防御機制有：鼻咽過濾、會厭反射、咳嗽反射、呼吸道黏液纖毛清除功能、體液免疫及細胞免疫。當機體的抵抗力受到損害，足夠數量的病原菌到達下呼吸道，破壞防御機制或有強毒力的致病菌侵襲可導致發病。其發生有兩種方式： 

　　 ⑴ 病原體由周圍環境經上呼吸道吸入肺內。吸入是常有的現象， 5%的正常人及70%神志受損的人在睡眠時有吸入，吸入幾乎是不可避免的。 

　　 ⑵ 病原體由其它途徑進入血液，進而侵入肺內。肺內血管象樹一樣分支廣泛，毛細血管與肺泡內皮細胞距離很近，所以病原體易滯留于肺泡或肺間質內，病原體在肺泡或肺間質內繁殖，發生毛細血管擴張、充血，大量白細胞和紅細胞浸潤，漿液滲出，漿液含有多種營養成份，是良好的培養基，有利于細菌的生長，并使感染借助液體流動或通過肺泡間孔和細支氣管向鄰近肺組織蔓延，病原體可以被包圍在白細胞之間，最后通過白細胞表面的吞噬作用而被消滅，通過有效的抗菌藥物治療及自身白細胞的吞噬作用，病原體可逐步被消滅，使肺部炎癥得以控制。